医学界历来怀疑避孕药对胎儿可能有影响。一些研究显示，口服避孕药中的雌激素可能影响胎儿免疫系统的发育，增加下一代患过敏性鼻炎的可能性，但多项流行病学研究和动物实验均未能证明口服避孕药物会引起胎儿畸形，也未证实孕前或孕期使用避孕药与新生儿的各种先天性畸形有明确的因果关系。

　　1989年，美国食品与药品监督管理局(FDA)终于取消了"口服避孕药具有致畸危险"的警告。2000年，世界卫生组织修订了《避孕方法选择的医学标准》，认为"在妊娠期间服用口服避孕药未发现已知的对母婴不利的影响"。

　　目前在市面上的药店能买到的基本上是新一代的短效复方避孕药，其特点是激素剂量比较少，雌激素含量在20~30微克的水平，所含孕激素的副作用也很小。因此，停药后只要来了月经，下一个月便可考虑妊娠，而服用后意外怀孕也不一定要做人流。

　　服用长效口服避孕药后雌激素储存在脂肪组织内缓慢释放，长时间起作用，因此每个月吃一粒就够了。不过停药后，体内常会有雌激素蓄积，可能会有2~3个月发生月经紊乱，例如月经延长、淋漓不尽、周期不规则等。因此，建议服用长效口服避孕药者在需要停药时，好在月经第5天开始服用短效避孕药3个月作为过渡，其间不能马上怀孕。长效口服避孕药虽然服用方便，但副反应重，如恶心呕吐、白带增多、子宫出血较多等，现在已经不提倡使用，特别是未生育过的妇女好不用。