如果附睾不幸感染了致病微生物，发生附睾炎症，令管腔充血水肿，其养育精子的能力自然降低，甚至处于怠工状态。附睾分泌的各种营养精子的物质均会明显减少，使精子应在附睾获得的各种能力明显减弱，*终导致排出精液中不能活动的精子或死精子比率明显增高。即使是能活动的精子，其活动能力也减弱，从而引发弱精子症或死精子症。

附睾被病原体感染后，有的病原体（如大肠杆菌）可直接对附睾管中的精子造成损害，抑制精子的活动度或使精子发生凝集，以降低其活动能力；有的病原体（如支原体、衣原体）则吸附于精子表面，使其活动力降低甚至丧失。病原体产生的毒素也会毒杀生性脆弱的精子，使其死亡率大大增加。同时，白细胞、巨噬细胞等机体卫士在消灭病原体时，也可能不分好歹，误伤或误杀精子。炎症反应产生的大量代谢产物，也会毒害精子，或改变精子的生存环境，使精子活动力下降、死精子增多，造成畸形精子率上升、精子数量减少等。

附睾炎如果是由淋球菌、结核杆菌等病原体感染引起的，不仅会发生炎症反应而损害精子，而且极易引起附睾管腔的缩小或堵塞，导致近附睾端不完全性或完全性输精管梗阻。这是一种难以逆转的附睾炎后遗症，精子被堵截在附睾管内出不去，只能慢慢困死或任由宰杀，从而造成梗阻性少精子症或无精子症。